绩效管理理念尚未牢固树立，制度不够健全，重立项、轻绩效的问题仍然存在。项目绩效评价往往流于形式，兼顾科研工作特点不够。楼继伟表示，我国已初步建立了科技经费监管制度体系，但项目承担单位责任主体作用发挥不够，执行中依法依规管理意识不强，处罚措施落实不到位，在近年的审计或专项检查中仍发现不少虚假报销、挤占挪用、违规转拨等违规违纪行为。

楼继伟说，除了以上财政科技资金管理使用自身存在的问题外，在体制机制等方面也存在一些影响资金使用效益的深层次问题：科技宏观管理缺乏有效的统筹协调；政府与市场的关系没有完全理顺；科研项目管理亟须改进；科技评价导向不尽合理；创新政策体系不够完善。

据楼继伟介绍，对上述问题，《关于深化科技体制改革加快国家创新体系建设的意见》(中发〔2012〕6号)已经提出了明确的改革方向，国务院领导同志多次进行研究部署，国务院办公厅发文明确了任务分工，各部门、各地方制定了详细的工作计划，正在抓紧落实。

楼继伟说，要进一步加强和改进财政科技资金管理，真正提高使用效益，根本上还要靠深化科技体制改革。下一步，要切实转变职能，进一步处理好政府与市场的关系；加快科技管理体制改革，促进科技资源优化配置；优化政策设计，构建创新政策体系；改进科研项目管理，完善科技评价机制；改进财政科技资金管理，提高资金使用绩效。