财政部上海专员办解释称，一是成本结构中暂不可抵扣部分的比例较高，如房屋租赁及代理佣金等尚未纳入营改增的成本项目，维修费中服务提供方为建筑安装企业导致不能取得专用发票等，不过，这一问题会随着营改增全面实施得到解决。二是部分项目取得发票困难，不能做到应抵尽抵。如供应商中存在无法提供可抵扣发票的自然人和小规模纳税人、无法提供转租基站电费发票的二房东等等，但这一问题不是税制设计造成的，属于税收征管问题。

该专员办由此建议，采用11%(适用于语音业务收入)与6%(适用于增值业务收入)的分项税率，在试点初期企业会有一定的税负增加，但随着全面营改增工作的推进，税负会逐渐下降，最终低于原营业税税负，这“是一个能为行业接受，同时兼顾财政承受能力的政策选择”。

此外，曹菲建议，与交通运输业略有不同的是，邮电通信业的固定资产、技术设备投入和更新频率较快，且会涉及到更多的工程作业等行为。如果工程作业等建筑安装类服务能够较早地纳入营改增范围，促使邮电通信行业取得更多的进项税额，那么营改增对邮电通信行业税负的影响或许会小于交通运输业。