不过，两人势成水火还是因为那场360与腾讯之间著名的3Q大战。周鸿祎坚信是雷军导致了这场令360和腾讯两败俱伤的战争。他认为雷军不断向马化腾灌输360将会严重威胁腾讯业务，并在3Q大战前告诉马化腾360将推出IM软件直接与QQ竞争。此事成为两人关系最重要的转折点。2009年，雷军投资可牛公司，这是360安全卫士产品负责人傅盛与周鸿祎闹翻后创办的公司。此后，金山收购可牛，并任命傅盛担任金山网络
CEO，负责与周鸿祎直接竞争的业务。傅盛与周鸿祎积怨颇深。2011年，360曾在香港高院起诉傅盛，称傅盛违反保密责任。
如今，私人恩怨多少使商业博弈升温。无形中，这也微妙地推升了周鸿祎的变革动力。
像任何一家互联网公司一样，360也开始对移动互联网产品进行投入，希望抓住尽可能多的机会。今年以来，360大举招聘、收购移动互联网业务方面的工程师和开发团队。现在，其手机业务开发团队规模近400人，其中手机安全产品团队占一半以上，以便服务安全卫士应用的超过1亿的用户，被寄予厚望的手机助手团队约为100人——这是360目前规模最大的两个手机应用产品线。
这种投入体现出周鸿祎对下一个商业机会的判断。他认为手机助手是从PC到手机之间最大的安卓手机应用商店。此前，他曾试图收购创新工场投资的豌豆荚，以便快速拥有自己的应用商店。收购未果后，他迅速与开发出91手机助手的网龙公司合作开发出360手机助手。根据360公布的财务信息，去年其研发费用占收入比例超过32%，今年这一比例将会增长至35%至40%。
在PC中，浏览器软件成为360商业模式中最重要的客户端之一，因此，周鸿祎同样非常重视手机浏览器的开发。尽管目前已有QQ浏览器、UCWeb、海豚浏览器等本土产品，周依然认为这个细分市场仍有很大空间。按计划，360手机浏览器的团队规模今年也将超过100人。“我觉得任何人都不能把这个模式复制到手机上，比如说腾讯没有成功把QQ移过来，而是推出微信，完全自我颠覆的产品。”周鸿祎说，“所以在手机上，我觉得还是踏踏实实的做安全，第二步是通过手机助手吸引更多用户。”
360并没有一个像腾讯张小龙那样著名的产品经理，他因独立开发出QQMail和微信名噪互联网市场。“用户才是真正的产品经理，我们只是项目经理，把用户的需求整理、做出来。只有用户才知道他想要的到底是什么。”负责360无线业务的副总裁李涛告诉《时间线》。
每天，李涛都会收到300至400封产品质量申诉邮件。问题明确的，相关产品部门主动负责解决，一些看起来职责归属不太清晰的则由李涛裁决。作为无线业务负责人，李涛参与如此琐碎业务的主要原因，是希望能从中了解真正的用户需求。
一次，李涛看到一个用户无法正常运行手机卫士的邮件。原因本来简单，该用户使用的是双卡手机，却安装单SIM卡版本的应用。但李涛意识到，为什么一名双卡用户会安装错误版本应用呢？应该从两方面着手解决这个问题，首先是下载应用时，应该有明确的提醒和说明，帮助用户选择安装正确版本。另一方面，手机卫士应该能够检测两者是否匹配。于是，解决单一问题衍生成为解决一类问题，李涛由此推动产品开发、设计、市场运营和手机制造商合作等多个部门共同运转改善产品。“世界上哪款机型最起码也得生产个10万部，那就意味着有10万个人可能会遇到这个问题，所以任何一款机型遇到的问题都不是一个小数。”李涛告诉本刊。
对奇虎360公司来说，360手机战略，首先是一道防线，但长期来看，也为360找到移动互联网盈利模式创造了更好的环境。周鸿祎既希望能够做一件对用户有利、自己赚钱的事，同时也渴望能以意见改变世界、推动行业发展。此次与小米之战，是一个融入了多重动因的结果。
事实上，周鸿祎一直习惯从斗争中实现自我成长。他的履历表充满硝烟味道：对抗CNNIC、挑战网易、百度和雅虎，直至与中国规模最大的互联网公司腾讯鏖战，周鸿祎利用自己的柔道战略不断在战斗中学习和思考，在过程中找到适合自己发展的路径，成为中国互联网市场一个个性鲜明的力量。与以往单枪匹马、猛烈进攻不同，今天的周鸿祎开始尝试合纵连横、顺势而为的方式。
“手机与互联网一定会发生激烈的碰撞，在这个过程中，我觉得自己至少应扮演一个历史的推动者，而不仅仅是被动的接受者或旁观者。这一直是我的个性。”周鸿祎说道。
