确立了产业链主并组建起强健的运作组织体系之后，科学合理的运作机制就变得异常重要了。
² 贝叶思咨询认为，其运作机制首先是要从全局考虑，要求系统厂商、设备厂商、运营商、开发者、投资商、服务商与用户之间建立起积极的价值传递关系和统一协调的利益机制。这其中最为关键的就是商业模式的科学性与合理性，比如给用户提供的价值导向应该是科学设计、合理规划并且切合用户需求的，系统厂商或设备厂商从基于自身系统或设备的移动互联网的发展过程中各自取得怎样的战略收益，而运营商能够取得怎样的收益，投资商、服务商各应该取得怎样的利益，开发者可以获得怎样的收益与未来预期。这样的商业机制中既要充分考虑短期利益，让各方维系的体系得以生存，又要考虑长远利益，让产业链组织体系得以不断地成长、壮大。而利益协调机制则是要在产业链参与各方的共同利益与各自利益矛盾的基础之上进行协调、折衷与优化，从而达到各方在整体上的共赢。
² 协助各方之间建立起利益共享、风险共担的协调与管理运作机制。比如，消费者与运营商之间建立的服务提供关系及其反馈的管理机制，要求用户在使用运营商或其他提供商所提供的移动互联网应用的过程中，在前、中、后期都有科学、便捷、合理的应用下载、支付、意见反馈与征询的机制，从而保证畅通的用户通路，为移动应用及其服务的创新与改善收集最原始的素材；在开发者与运营商（或其他链主）之间建立科学合理的合作机制，包括开发基金与资金的协调与解决、原始创意与设计的提供、新应用的开发与审核、新应用的评级与推广等，也包括科学的评级与审核体系自身的建立与优化，要有具备吸引力的创新、创意奖励与激励机制；从链主与开发者及推广服务者之间的运作机制来看，在有明确科学的、合理的评级与审核机制的前提下，链主应该确保所有开发者的优秀产品有统一的宣传与推广体系，保证优秀产品的入围与推广。总之，贝叶思咨询认为，在每一个产业链的合作环节上都能建立起细分的、科学合理的运作机制是整体利益得到实现的最终依靠。
4、 不搞形式主义、要有切实可靠的落实机制
不稿形式主义，要有切实可靠的落实机制，是要求链主与产业链参与各方一起就移动互联网应用的资金组织、开发者设计与开发、用户品评与反馈、运营商运维与服务、服务商推广与营销、设备厂商设备提供与服务等就上述运作组织体系与运作机制形成有效地落实措施与办法，注重效果，而不流于形式。
以设立开发者初创基金为例，设立初创基金来帮助开发者在早期没有收入期间进行应用开发是国内外厂商对开发者进行支持的重要形式。如前文所述，真正已经从应用商店获利的开发者仍然只是一小部分，大部分开发者还处于早期的投入期，如何切实有效地通过基金与风险投资等形式来对开发者加以支持显得非常重要，但是贝叶思咨询需要提醒链主们，开发者基金不是一个宣传的口号，更不是形式主义，需要切实可靠的落实机制，设立基金本身就是让基金合理运用以真正做大移动应用产业，以便从中获利。从各厂商目前的落实情况来看，有一些具体的落实基金支持的办法，但是效果尚不明显，有一些厂商还设立了相关的开发者比赛，并设立相关的奖金。从国内开发者来看，早期的基金支持非常必要，因而，落实机制就变得重要，要求各厂商就基金使用明确相应的入选条件以及支付条件，从而确保在基金得到有效使用的情况下，初创基金真正有效运作起来并发挥积极作用，这也是一项长效机制。
时间
涉及厂商
初创基金内容
2011年10月
阿里巴巴
阿里云与云锋基金启动10亿元的基金，重点投向基于云计算的开发者与创新机构。
