除去表面的问题之外，还有更深层次的问题，比如应用甄别与排位机制方面的问题。尽管不同的厂商在应用商店运作推广层面已经设立了相应的应用甄别与排序机制，但是在我们的调查中，我们仍然不难发现这样的问题，一是好的应用可能会因为甄别机制的缺陷而被直接拒之门外，导致优秀的应用报国无门；二是即使大量的应用进了龙门，在排位机制方面也面临着新的问题，或者是出于资金实力弱而得不到有效的推广导致好的应用排在后面，而有些“贵族”应用则借“贿赂”考官而位列前茅。由此观之，移动互联网应用的选拔与排位机制不但会使部分优秀的应用开发者“知难而退”，更重要的是链主们也会因此而丧失应用商店的竞争力，最终在竞争中失败。
从设备商或者OS厂商的角度来看，还有一些老生常谈的问题，比如，平台的兼容性问题。这一方面安卓阵营的体会应最为明显，因为不同厂商对设备的改版导致了相当一部分应用只能在某一厂商自身的设备上使用，从而减少了规模效应。
至于产业链中的服务商，贝叶思认为，服务商有至关重要的作用，但是目前国内移动互联网产业链也面临着服务商的缺位问题。所谓服务商，包括几个层面：其一是后端的营销与推广层面，我们目前很少能够看到真正独立有效地针对移动互联网应用的商业推广，设想在如今这个媒介发达的时代，大量的开发者在做开发，如果宣传推广方面缺位将会导致什么后果？大量应用无论是龙还是鱼，未过众人眼，便已成云烟，何谈盈利。
其二是前端的投资商，从目前的开发者来看，人才是最为核心的资产，而开发者也需要一个投入期，没有有效的资金支持往往也会成为开发者坚持不到盈利就撤退的一个重要原因。而目前国内针对开发者的投资运作体系也存在极大的缺位。
其三就是涉及到开发者自身层面的问题。最为重要的问题是原始创意缺乏，很多开发者在原始创意方面没有合理的形成过程，而是简单的模仿与抄袭，导致其应用本身的同质化严重，从而应用开发之始就决定了其最后的失败。此外，在恶性竞争与挖角方面的问题则表现在报酬形成与支付等方面，导致开发者没有稳定的开发体系。
运营机制定生死：对策与思路
1、 链主应该承担规划运营机制的首责
移动互联网应用产业链应该确立其链主甚至是相应的组织体系。贝叶思咨询认为，有链主的移动互联网应用产业链不一定能够发展成功，但是没有链主的移动互联网应用产业链一定不能成功发展。在确立了链主之后，链主要真正承担起丰富自身产业链、培育和强健产业链运作机制的首要责任，这才是决定成败的重要根基。
2、 强健的移动互联网运营机制先要有强健的运作组织体系
如前所述，一个强健的移动互联网运营机制首先不可缺少一个强健的运作组织体系。这个体系中必须具备一个强大、统一、兼容性好的软件与硬件平台与相应的厂商，一个基于移动互联网应用战略合作的运营商体系，一个良好的开发者合作团队或企业联盟，一个有效运作的投资或基金运行体，一个有辐射与渗透力的营销与推广体，最后还得有一个定位明确的、忠诚的用户群。
3、 科学合理的运作机制是成功的关键
