20：25，D3115再度缓缓开行。按照调度授权，司机以目视模式闯红灯行驶，按规定时速20公里。在6分钟之内，列车向前行驶了2公里。
几乎在D3115重新启动的同时，后方停靠永嘉站的D301也接到调度指令重新开车。但和给D3115的指令不同，调度并未授权D301目视闯红灯，而是接触红光带后按信号行驶，也就是说，当信号显示红灯，D301必须停车等待。
调度的设想是，让D3115先目视闯红灯驶过红光带，D301则在红光带前停车，待确认D3115已经进站，再授权D301目视驶过红光带。
这里的关键在于，D3115车后区间的信号，必须是红灯，这样D301才会按信号停车。
在调度的计划中，那盏红灯理所当然地会出现——整个信号系统正在检修之中，修复之前一定显示红灯。那盏红灯也必须出现，它实际已经成为D3115和D301两个庞然大物之间最后的屏障。
调度 “潜规则” D301上的乘客傅丽娟原本打算乘坐Z60，一趟北京直达福州的火车。但是她发现，高铁开通后就买不到这趟车的车票了。她只能多花超过一半的钱买D301的二等座票。
D301先后经过几段不同线路，在京沪之前走京沪高铁。不过，在傅丽娟看来，在京沪高铁线上，D301似乎是 “二等公民”：“从济南之后就开始晚点，到南京时晚了有半小时”。有长期乘车经验的乘客告诉傅丽娟，这是因为京沪高铁线路上首先要保证高铁的速度和正点率，动车必须为高铁让路。
南方周末记者在这趟车的运行图上发现，其在京沪线上最长停站时间达25分钟。这对动车组而言极为罕见。在 “7·23” 追尾事故之前，京沪高铁正饱受非议，开通后四天内发生三起故障，导致高铁一度大面积停运。
在乘客们的抱怨声中，D301一路驶过京沪线，过了上海、杭州，便驶入繁忙的甬温铁路线。
2008年建成的甬温铁路于2009年10月开通动车组。短短一年半里，其开通的动车车次由7对增加到30对。不少动车相互间隔时间在10分钟以内。业内人士清楚，车次越多，间隔时间越短，铁路调度的难度和压力也就越大。
D301的乘客们还对在永嘉站停车不解，实际上它在永嘉并不需要停靠。
同样感到奇怪的还有D3115车16号车厢乘客宋建新。他乘坐的火车在永嘉进站后不久，旁边车道很快驶来另一辆动车D301。宋建新之所以注意这辆车， 是因为他发现这辆车的车厢都是卧铺， 但乘客却都坐着。
D3115在D301之前开走，这一事实在后来曾引起广泛质疑——按照列车时刻表，它本应在D301后面。
前文所提火车司机对南方周末记者解释，此行车安排应由位于上海铁路局的列车调度员决定，它也符合铁路系统的 “潜规则”：D301晚点起自济南局而非上海局，而统计列车晚点的指标是按趟数而非晚点程度来计算，由于D301已经晚点，调度员索性让它再晚一点，给D3115让路，以尽力保证后者不晚点。这样虽然D301会晚点更多时间，但在统计上，晚点趟数却只有一趟。
此外，铁道论坛上一位参与讨论的资深版主徐先生称，2006年京九线发生追尾事故后，铁道部曾作出规定，如发生信号故障，一律按站间闭塞办理，就是说两站之间仅容一辆车通过。具体到事发情况，也就是在让D3115从永嘉站开出后，D301在其抵达温州南站前绝不发车。然而，事实相反，后车在前车未到站前即出发。
徐先生认为，调度员之所以违规将D301放行，目的可能除了让整个过程省时间外，同时过于迷信ATP，以为有了这个系统，两车就不可能追尾。
灾难的因素似乎正是从此次行车顺序调整萌发，这导致其后两车都必须以复杂的非常规的方式通过温州南站前的区间。D3115于当晚20：15从永嘉站开出。9分钟后，20：24，D301从永嘉站沿同样线路开出。从现在起，两车的每一次停止与启动，都将关系到一场灾难是否发生。
