联发科有关高达17亿台币营业所得税争讼事件，“台北高等行政法院”二审判决联发科败诉，虽仍有上诉机会，但情况并不乐观，联发科恐将面临必须补缴此一巨额税款的命运。
联发科依据2001年12月增修的新奖励办法，认为该公司所申请2002年度与2003年度就第2次第5年免税产品营业收入，自行销售经核准投资完成的设计和所产制产品的所得，属于新奖励办法免税所得范围，可以享受免税的优惠措施。
这件牵涉到总额高达17亿台币营业所得税官司，在今年2月间，联发科获得“台北高等行政法院”判决胜诉，法院将原补税处分及诉愿决定关于列报第2次5年免税所得额不利于联发科部分均撤销。
但相关部门随即上诉，“台湾最高行政法院”今年8月20日判决，原判决废止，发回“台北高等行政法院”再审。
“台北高等行政法院针”对“台湾最高行政法院”发回意见中，所质疑联发科到底是适用新、旧奖励办法部分，进一步审查“台湾经济部工业局”、“科管局”等相关核准联发科的函件内容，最后认为，联发科申报的第2次5年免税案的免税范围，适用2001年2月20日发布的旧奖励办法。因此认定，按75％计算其所新增投资计划的产品收入净额，以核算联发科2002及2003年度免税所得额，并没有不合法的地方。