这是科技界28组此次政协大会小组讨论开始的场景：航天科技集团公司五院502所科技委副主任王南华委员一句“我说说重大专项”，还未来得及表达自己的观点，便被抢去了说话的机会，可谓一石激起千重浪。
清华大学博导王志新委员、兵器工业专家陶化成委员、中国工程院副院长邬贺铨委员……都忍不住要说几句，语速越来越快，情绪也有点激动起来，陶化成甚至站起来号召大家，我们为什么不写个关于重大专项的提案！
重大专项实在是科技界委员们“有点揪心”的话题，“2006年1月发布纲要，历经3年未见动静，终于启动又问题重重……”对于重大专项的坎坷历程，委员们能一口气说上几十分钟。
“现在最大的问题是管理混乱的问题。说是重大专项，没有专门的领导机构，大多数专项办公室还由各部委科技司的副司长兼任，没有编制、没有人，这样的管理是不行的。”邬贺铨说，“我们常说要用搞‘两弹一星’、办奥运的心情去实施重大专项。”
为了了解重大专项，2008年邬贺铨曾和众多委员一起深入到地方、各部、各机构调研“国家重大科技专项启动情况”，最终形成了《建立科学的管理体系是实施国家重大科技专项的重要保障》的调研报告，并成为重大专项成功启动的重要推动力之一。
说起重大专项，王南华说她现在的心情有点复杂：“高兴的是重大专项终于启动了，我们的调研报告说不定起到了作用。忧心的是，管理机制、监督评审机制都不太健全，出现一系列问题。重大专项跟一般的基金科研项目是不一样的，国家投入这么多的钱，怎么让这些钱产生真正的成果，必须要有明确的目标和检查的结果。”在她看来，重大专项就和自己所从事的航天事业一样，最是要专注仔细，要有捂着被子干科研的专注。她说：“我和我的同事们15年就干了一件事，重大专项这样关系到国家发展的研究项目又岂能让大部分人还有另外的‘本职工作’？”
一墙之隔，另一组的讨论中，重大专项同样“触动着”委员们的神经。在科技界27组的海军装备研究院综合论证研究所研究员尹卓委员看来，再没有比重大专项的推进更让人着急的事情。他说，自己有点不能想象如何在申报伊始就能预见两年后出差花销的细节，并写入财政申报中。
几乎所有委员都有这样的“疑惑”，邬贺铨说：“科技的财政管理还没有适应科技的规律，现在正用工程管理的思路管理重大专项。”他举例说，申报时要求在项目年度内准备购买仪表设备超过10万块必须报3个以上的报价单，但是有的重大专项就遇到了这样的问题：要买的东西很先进，只有一个单位能生产，怎么办？而且我们如何预见到两年后会有什么新的仪表？“过去3年的时间就是大量耗费在审批、审核中，我能理解慎重的态度，但是对于如此前沿性的研究来说，加大事后审计的力度，恐怕比预算审计来得更加重要。”
