（一）预算管理的思想观念有偏差
1、为预算而预算。博科资讯全面预算管理顾问中心发现，中小企业往往比其他企业更能认识到预算管理在其企业管理中的有效作用，并把是否实施预算管理作为衡量企业管理水平高低的一个标准，但对预算到底应是什么样子，如何安排和实施预算，尚缺乏深刻的理解。不少中小企业为了在管理水平认定方面能得到有关部门和单位的认同，纷纷实施预算管理，并制定了一系列有关预算管理的制度性文件。
2、认为编制预算属纯财务行为。预算是在财务收支预算基础上的延伸和发展，以至于很多人都认为预算是财务行为，应由财务部门负责预算的制定和控制，甚至把预算理解为是财务部门控制资金支出的计划和措施。随着管理计划性加强，预算逐渐受到管理层的重视。尽管各种预算最终可以表现为财务预算，但预算的基础是各种业务、投资、资金、人力资源、科研开发以及管理，这些内容并非财务部门所能确定和左右。
（二）预算依据不充分
1、预算缺乏中小企业发展战略的明确指导。没有发展战略环境下的预算管理，往往出现短期活动，忽视长期目标，使短期的预算指标与长期的中小企业发展战略不相适应，各期编制的预算衔接性差，预算管理常常处于本末倒置的状态，各年度、季度和月份预算的推行无助于中小企业长期发展目标的实现，并且企业预算编制出发点也不尽相同，这样的预算管理难以取得预期的效果。
2、预算往往经不起市场的检验。博科资讯全面预算管理顾问中心在调研中发现，由于预算管理中存在封闭心态，预算管理过程往往忽视对市场的调研与预测，使很多预算指标与中小企业的外部环境不相容，整个预算指标体系难以被市场接受，经不起市场检验的预算制度很难有效地在中小企业中实施。而且，预算指标缺乏弹性，缺乏对市场的应变能力，这也使中小企业的预算工作难以推行。
3、预算与中小企业的实践活动相脱节，编制的预算缺乏必要的客观性。很多中小企业以历史指标值和过去的活动为基础，确定未来的预算指标值，没有认真地对中小企业的未来活动作评估。如果中小企业及其各部门的活动变化不大，这种制定预算的方法尚可接受，在中小企业及其各部门的活动变化较大或扩张速度较快时，用上面的办法制定预算，会使预算指标缺乏客观性。缺乏客观性的预算指标值难以成为考核和评价员工的有效基准，这样的预算管理制度肯定效果不佳。
4、执行预算缺乏有效的考核与激励措施。考核和奖惩措施落实不到位己经成了影响中小企业预算目标无法很好实现的重要原因。在预算管理过程中，以预算标准考核责任单位和责任人，并以考核结果对他们执行奖惩时，被考核方过多地强调客观因素对活动绩效的影响，故意回避主观方面的原因，考核方则常常参杂太重的个人情感去评价被考核方，使考核过程在“有色眼镜”下进行；或者考核后没有配套的奖惩措施，缺乏应有的激励机制，使考核工作流于形式。预算指标约束作用的丧失，可能使整个预算工作名存实亡。
（三）预算编制方法过于模式化
博科资讯全面预算管理顾问中心认为，预算编制是中小企业实施预算管理的起点，也是预算管理的关键环节。采用什么方法编制预算，对预算目标的实现有着至关重要的影响，从而直接影响到预算管理的效果。西方国家尤其是美国编制预算时分别采用固定预算、弹性预算、滚动预算、零基预算和概率预算等方法，不同的预算编制方法适应不同的情况。而我国多数中小企业均采用增量或减量预算编制方法，原因主要有三个方面:（1）增量或减量预算的编制简便；（2）给预算确定中的讨价还价行为留下空间；（3）承认历史水平的合理性。尽管增量或减量已经考虑了某些非正常因素，但确立增量或减量的幅度在很大程度上具有主观性，致使预算的编制未能真正起到提高效率的作用。
（四）预算审查批准中的非客观性因素影响较大
1、决策层多以预算结果满意度作为是否批准该预算的主要依据，只要预算结果在决策层可接受的满意程度之内，预算就会被批准。这实际上是形式主义在预算管理中的表现，不符合预算管理的本质要求，满意度的高低无法衡量，带有很大的主观成分，也容易产生腐败。为了使预算能真正起到细化战略管理的作用，预算的审批应注重预算草案的编制假设或编制依据是否与企业发展战略一致，预算编制的内容是否完整，预算指标的计算方法或确定原则是否与中小企业预算制度规定的原则和方法吻合。也就是说，预算审批应注重预算编制内容、编制过程和方法的合理性，而不能只注重预算结果。
2、对预算的准确度期望值过高。预算是中小企业对未来行为的一种计划安排，在预算确定中体现为一系列的具体指标，这些指标尽管考虑了不确定因素对未来的影响，并进行了合理的估计，但实际执行结果与预计指标仍存在差异，甚至差异很大。管理层总是希望预计值与实际执行结果尽可能接近，最好是能吻合，能够不偏不倚地落实既定方针。但执行的结果往往是:要么远远超过预算指标，要么大大低于预算指标，很少有中小企业能够使预算指标同实际执行结果接近或吻合。如何使预算指标真正起到目标导向作用，并减少乃至取消讨价还价行为，是管理层非常头痛的事情。
3、管理部门的预算考核只注重费用节约额
许多中小企业尽管实施了预算管理，但对管理费用的支出仍实行预算控制的办法。由此大多数认为，对管理费用实施预算管理主要目的就是能通过预算控制费用，以使费用支出不超过预算。在这种指导思想下，很多中小企业都规定了管理费用超支或节约奖惩办法。但导致的结果是，有些管理部门为了节约费用，得到相应的奖励，削减了一些必要的活动。从而产生了减少工作，多得奖励，消极怠工的矛盾现象，这与实施管理费用预算控制的目的相违背。进行预算考核时，应首先看其中管理活动是否按质完成，只有在百分之百完成各项管理活动情况下节约费用才可获得适当的奖励。