此外还有系统的本身不完善何题，在实施了或自己开发系统的药店，系统功能的不完善也带来很多问题。比如会员查找不方便、输入药品商标慢、功能太简单，导致连锁门店与总部间数据传递与交换不够及时，数据错误现象时有发生。上述情况往往导致经营者不能及时查询数据，销售前端关键业务信息收集与反馈速度缓慢。“有些药店虽然实行了信息化管理，但总部到门店的信息反馈仍然比较慢。导致我们在和一些药店联合开展活动时遇到不少困难。”某品牌企业的市场部人员表示。
在调查的过程中发现上述问题的出现首先是因成本问题导致。例如广州市某连锁药店有50家直营药店，但仅有3台电脑，对此该负责人表示全新开发系统，甜要注人大量成本。而出于成本因素考虑一些连锁药店在选择系统功能相差不大的软件时，也往往把价格作为第一要素来考虑，这样软件公司在失去合理的利润空间的情况下，也就很难保证工程质量。
其次部分药店有时仅是根据同业的使用经验，就选择采用相同的软件，但使用后却发现系统可能并不适合自己的药店。而有些连锁药店不做需求评估.各级管理人员对信息化实施也没有经验，无法明确提出一个符合自身需求的系统需求，同时也可能是选择的计算机软件供应厂商开发力量与经验不足，造成导入的信息化过于简化。
