正如他所说，在某基地进行的试验并不十分顺利，为了使试验更加程序化，更加严格，费爱国提出对所有大系统进行地面联试，检查并解决问题。
除了试验方法决策，具体技术问题的攻关费爱国也亲自挂帅。在研制的某一个阶段，出现了影响系统效率的问题。为了找出原因，“我和同志们一起，画好状态图，一个一个地推。”费爱国说，最后终于找到症结，通过改进，提高了整个系统的工作效率。
费爱国的办公室里，墙上一幅照片非常醒目，照片中中央首长与之亲切握手。“这是中央领导亲自视察空军两个重点项目，其中之一就是我们负责研制的新型信息化系统。”
2006年，项目完成预定目标，接受检阅。2009年1月，这一项目荣获了2008年度国家科学技术进步一等奖，在人民大会堂参加完颁奖仪式 后，费爱国对采访他的记者说：“这是一项大协作工程，荣誉属于全国20多个协作单位，属于全体参与研发的科技工作者。”而至于自己，他说：“一个国家发展 与经济社会实力相适应的国防科技力量是必不可少的，能在这其中贡献自己的力量，非常光荣！”
“支援”非洲某国
由于工作的特殊性，无论作为科学家，还是军人，费爱国都极少走入公众视野，但在非洲某国，他的“知名度”却不低。提起中国，那里的人们马上会想到两件事情，一是我们援建的国家体育场，另外就是国家防空指挥系统，而后者就和费爱国有关。
1989年1月，我国与非洲某国签署合约，援建国家级防空系统。到目前为止，这套系统还是我国唯一出口的国家级防空指挥系统，在南部非洲影响很大。该项目的总体技术负责人正是费爱国。
“从一个‘点’开始，到组成一张网，这个项目带出了一支队伍。”费爱国说，“原来我们做过本地指挥所，也做过航空兵的引导系统，但这些点都组不成一个网，通过这个项目，我们做了一个完整的系统。”在他看来，除了政治影响，这是最大的收获。
“这次国家级防空系统前后做了14年。”为了这个项目，费爱国花了很多时间、精力，也放弃了不少东西。“1992年，第一次去我就在那呆了16 个月。”为了出国后方便联系，他花了5000块钱给家里装了部电话。费爱国笑言，由于这条“战线”拉得太长，导致他很长时间没出别的成果。
破解DOS系统
回顾工作的经历，费爱国觉得自己“干了几件事儿”，破解DOS系统被认为是其中之一。
“我这个人只要有事干就行，没有什么太高的奢望。”上世纪80年代初，和费爱国同期来到研究所的，很多人没干几年就走了，但费爱国从普通的技术员，到总工，再到如今的所长，在所里干了28年，就是因为他觉得“有事儿干。”
硕士毕业，费爱国来到研究所干的第一件事是“讲课”。
当时所里引进了一台被费爱国形容为“很土”的台式计算机，能够做些Basic程序的计算，费爱国接到任务是用这台计算机做一个实时检测电路质量的设备。
“但台式机不是这么用的，做这个设备需要的是微处理器。”费爱国说，由于那时计算机刚刚出现，很多人对它的用途只是一知半解，对于嵌入式微处理 器更是闻所未闻。于是，费爱国在所里办起了“讲座”，“花了一个礼拜的时间，就讲怎么以微处理器为核心设备来做电报交换机和一些保密设备。”可以说正是他 的这堂“课”，才把微处理技术真正带入了研究所。
由于出色的专业技术，刚出校门不久的费爱国很快得到了所里的重视。“领导把有挑战性的任务交给你，我觉得这就是重视。”费爱国说。
1987年，他参与了戴浩院士领衔的DEC计算机网络协议破解工作。“当时计算机运行的都是DOS系统，只能执行单个任务，我们要在全军自动化 网络上应用，系统必须能够执行多个任务。”于是费爱国带领一支团队，用了近一年的时间，把IBM微机上的网络程序全部反汇编，并编写出新的程序，使之能够 同时执行多个任务。
