许多开发团队都被这一代JTAG应用绑住了手脚。最终，当系统复杂性持续增大时，要保持产品的竞争力，就必需采用一种JTAG接入策略。
第二代JTAG应用
在第二代JTAG应用中， 不同的开发团队规则对在新板卡设计上采用JTAG功能进行管理。该阶段的JTAG应用需要一定程度的ATPG(自动测试程序生成)软件工具(这类软件工具 具有稳健的诊断功能)投资，用于对编程和测试矢量的开发和传送进行管理。这类ATPG工具的供应商提供从简单的针对每一任务的矢量生成的支持与咨询服务， 也提供生产用的多任务(multi-seat)全套软件支持。
在每块电路板上添加一个策略性IC器件-JTAG复用器件，目的是去除电路板上的多个1149.1接头并管理多个JTAG通路。这个JTAG复用器件所占用的电路板空间通常比一个JTAG接头还小，但却简化了元件的隔离，也简化了提高接入效率所需扫描路径的组织。
例如，开发人员可能会希望将不同厂商的FPGA隔离在不同的扫描链中，以便简化利用每个厂商提供的工具接入JTAG的过程。另外，我们可能 还希望将微处理器放在一个单独的扫描链中，从而在仿真工具调试软件或在闪存写程序时，最大程度提高微处理器的运行速度。ATPG厂商对这些器件都提供了很 好的支持，因此软件支持通常很简单，直接提供交钥匙的方案。
图2：第三代J：将JTAG总线的扩展到在整个背板以连接多个板卡。
如今我们的第二代设计都只有一个单独的JTAG接入点，在这种基本配置下，整个板卡的所有仿真、配置和1149.1测试都可以在一次插入中，在一个测试站(test station)上用一个基于PC的系统来实现。
在这一阶段出现了一种新的JTAG总线应用-在产品的整个生命周期中都能利用JTAG接入功能。例如，可以将整个电路板级的矢量图 (vector image)存档，以便在需要现场服务时，对板卡重新编程或调试。同样的接入功能还可以用于现场FPGA固件升级，或用于诊断一个FRU(现场可替换单 元)中的问题。返回厂家进行故障分析的设备也可以利用同一组矢量图(以及厂家或开发测试站)来对问题进行隔离。
如果说这一代JTAG应用有什么缺点，那就是开发团队通常还抱着单一板卡的心态。这是一种常有的心态，认为设计团队的责任只局限于其设计的板卡及其接口。然而，如果不能向第三代JTAG发展，那么这种JTAG应用就出现了瓶颈，限制了使用JTAG实现多板卡的能力。
第三代JTAG应用
当能够对一个背板上的多板卡系统级使用到JTAG的特性时，就实现了下一代JTAG接入。在这种环境下，仍然能够单独实现单板卡级JTAG功能，而且 还可以利用到板卡间的功能。这一代JTAG应用不 但促进了单板卡上不同规则的设计团队相互合作，也促进了整个系统下不同板卡设计团队之间的合作。如果在上一代JTAG应用中采用了一个JTAG多路器，那 么这个多路器支持多支路(multi-drop)接入。采用一种寻址方案，可以将串行JTAG总线用于多支路配置，提供对多板卡的支持。而一旦JTAG能 够接入一块背板上的多个板卡，就能实现系统级的配置或编程(例如，JTAG可以并行接入多块板卡)。
如果驱动器/接收器对允许进行JTAG可接入的全速BIST(内建自测)，也能测试板卡之间的背板互连，或者可以验证板卡之间的高速 LVDS串行链接，那么就能对板卡间背板互连的完整性进行测试，或者验证板卡间的高速LVDS串行连接。或这些高速互连都是电容性耦合，并且驱动器/接收 器支持，则可以进行IEEE 1149.6测试。
利用与第二代同样的设备-一个基于PC的JTAG站，就能使用所有这些JTAG功能。这个基于PC的JTAG站用作JTAG主控设备，通过一组单独的线路连接到背板上的JTAG接头。这个主控设备负责驱动测试矢量，并管理整个背板上的器件接入JTAG功能。
