标准问题。移动支付的标准制定一直是各方关注的焦点。在移动互联网大行其道的背景下，移动支付的发展已经成为不可阻挡的潮流。无规矩不成方圆，移动支付行业标准的缺位，显然会严重阻碍整个产业良性发展的进程。工信部日前发布的《电子商务“十二五”发展规划》也明确指出，要推动近距离通信(NFC)、机器到机器(M2M)等技术标准的制定和应用，面向不同的行业应用，协调制定行业技术标准和业务规范。同时，重点推动移动支付国家标准的制定和普及，推动移动电子商务产业链和各应用领域的相关主体加强合作，加快商业模式创新和社会化协作机制创新。
技术问题。目前市场上的移动支付方式多样，创新智能卡支付、电视支付、超声波支付、刷卡器支付、二维码支付、无线支付、语音支付、指纹支付等新兴应用不断涌现，这诚然拓宽了移动支付的方式，为产业发展注入新的活力，但也带来不少问题。各种支付方式之间如何实现融合？移动支付功能与终端硬件之间如何实现完美结合？诸多问题都考验着移动支付市场的发展。
安全问题。这是个老生常谈但又不得不谈的话题。在线支付本身的安全问题就足够消费者头疼的了，在手机终端进行的移动支付则潜藏着更多风险。智能终端性能的不稳定、应用软件与手机平台的兼容性，再加上令人防不胜防的手机病毒的侵袭，都让移动支付过程暗礁不断。
引用一句老话，移动电子商务与移动支付产业的发展，前途是光明的，但道路是曲折的。
