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高效制胜、扩展无限 戴尔高性能计算最佳实践
http://www.cww.net.cn   2012年6月13日 09:57    

可扩展性

可扩展性成为企业争取最优拥有成本的最佳实践。可扩展性包括单机扩展性、存储扩展性、网络扩展性以及新老产品的平滑衔接。

单机扩展性要求要有较强的CPU、GPU以及内存的扩展。例如,在GPU计算方面戴尔提供了灵活的扩展方式:一种是直接把GPU安装在机箱里,另一种是通过PCI卡来与GPU互连,第三种是提供专门的GPU服务器。而GPU在并行计算的优势越来越不可忽略,在20日北京举办的戴尔高性能计算行业应用实践交流会上Nvidia将向您详细讲解GPU在高性能计算的应用趋势。

网络扩展方面,与本地的机器相比,其使用的万兆以太网延迟太大,采用Dell Force10万兆网的延迟,仅有700ns,而基于万兆以太网上的云平台的延迟达到了40-50微秒,这对于那些对I/O延迟很敏感的应用来说体验将是相当糟糕的事情。并且戴尔正在开始迅速向40G以太网这一新领域进军。

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深圳华大基因研究院在基因的测序能力及基因组的分析能力上处于世界领先地位,曾先后完成国际人类基因组计划“中国部分”(1%)、国际人类单体型图计 划(10%)、水稻基因组计划等多项具有国际先进水平的科研工作。我们为华大基因打造的高性能计算集群成为了进行基因研究工作的重要平台,可以帮助该院的研究人员进行基因测序、数据处理、对比分析和结果提取等多项关键工作。华大基因表示,在引进戴尔M605服务器以后,华大基因的计算能力提升了两倍,有力地推动了各项研究项目的顺利开展。

高性价比

在结构生物学领域清华大学走在了科技的最前沿。清华生命学院决定采用戴尔高性能计算群集方案(HPCC-High Performance Computing Cluster)为结构生物学研究提供一个更为高效的研究平台,创造更为良好的研究环境。

2010年初,清华生命学院经过广泛考察、慎重选型、反复测算最终决定引进1套大规模的44计算节点的戴尔HPCC系统,该系统由“计算节点”、“管理节点I/O节点”、“存储后台”“计算与管理网络”4个主要部分构成:其中HPCC系统的计算节点由11台戴尔PowerEdgeTM C6100机架式服务器担任,每台C6100机箱内配置有4台刀片服务器,每台刀片配置了两颗2.4GHz英特尔R至强R5645 六核处理器、24GB内存(6x4GB)、1块3.5英寸7.2K RPM SATAII硬盘,2块Broadcom 10/100/1000Mbps 自适应以太网卡(支持TOE offload 引擎技术)

“戴尔C6100服务器+Infiniband网络”为核心的HPCC系统于2010年3月完成组装和调试,目前已运行了1年多的时间,整体运行状况非常平稳。清华大学生命学院崔野老师是这套HPCC系统的主要管理者,他对系统的表现给予了充分的肯定。崔野老师介绍说:“目前,生命学院结构生物研究的主要计算任务均由这套HPCC系统来完成。该系统的上线,有效地保障了我们在大分子研究方面的计算效率,与传统的机架式服务器组成的HPCC相比,采用戴尔C6100服务器我们可以节省50%的空间,节省30%以上的电力消耗,这可以让我们的运营成本得到有效的控制。”

崔野老师接着介绍说:“从实际效果看,戴尔HPCC运行稳定,数据处理速度很快,完全能够满足我们开展大规模科学计算的要求。我们当前工作的重点是利用HPCC系统进行大分子蛋白质结构的研究计算,这种研究时效性强,紧迫性高,任务繁重,要求HPCC系统必须具有超强的计算能力,而戴尔HPCC的浮点运算速度峰值可以达到每秒五万亿次(5TFLOPS),我们对这样的计算能力感到十分满意。此外从发展的角度来看,戴尔HPCC系统的高效性为日后结构生物学研究工作的深入打下了非常扎实的基础。”

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来源:企业网   编 辑:刘佳    联系电话:
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