方舟子在微博中称：“有人说360是免费软件，不应该计较。免费软件并非真正免费，是靠向你发广告赚钱的。我打个比方，一家公司提供免费保洁服务，但是保洁员会在你家翻箱倒柜寻找各种信息，再把这些信息报告给公司，然后公司根据这些信息让保洁员在你家张贴各种广告，而且这些信息还有可能流传开去，你愿意吗?”
而对于360公司关于“方舟子收受黑钱”的质疑，方舟子表示自己已经对360浏览器、360杀毒软件采集用户隐私数据上传服务器的行为“关注已久”，其在微博中表示：“长期以来IT业界人士、媒体一直在批评奇虎360公司的一些做法，特别是自2010年以来，对360浏览器、360杀毒软件采集用户隐私数据上传服务器的做法的质疑、批评更是引起了我的关注。”
同时，方舟子表示，自己不是IT业界人士，但是不等于不懂IT专业、没有IT知识。“作为一名1991年起就上网的网民，我做网站、组织开发网络软件的历史比周鸿祎还要早。我对比了各种被公开出来的证据和360的回应，认为对360的质疑至少有一部分是有理由的。这几天我又收到了一些证据支持对360的质疑。”
对于方舟子的表现，有媒体评价：“打假斗士方舟子果然也不是浪得虚名，继昨天连发十余条揭穿360安全产品的隐私问题后，他的这一番点拨和比喻，似乎又对360商业模式的复杂问题直击要害。”
实际上，360的商业模式一直是个“讳莫如深”的话题。360董事长周鸿祎曾在多个场合表示“太复杂，很难讲清楚。”
业内人士认为：“免费”和“安全”的旗号让360实现了迅速扩张市场规模的商业目的，但其产品的“安全性”却一直存在争议。以保护用户安全为名，360不仅可以随意偷窥并窃取用户隐私、掌握用户的上网行为习惯，同时还可以在用户电脑中随意行驶“指挥权”，通过“恐吓用户”或“下达指令修改用户设置”等手段干预用户的自主行为。
据此前360前员工爆料揭露，作为免费软件的奇虎360，广告机会不多而且时间很短，要做广告就要精准，要精准，就必须了解用户信息。有了这些用户隐私，广告才够精准，就像此前的分众无线一样。所以，360安全卫士每十分钟联一次网，上传用户数据，全年风雨无阻。为了避免一次上传过多信息引起用户警觉，360做了精心的设计，采用了高频度、小流量的策略，并对数据进行压缩和加密处理，以防用户警觉。
在“质疑360产品不安全，呼吁网民卸载以保护隐私”的同时，方舟子给网民提出了替换产品建议，建议以AV-Comparatives在9月份对杀毒软件的测试成绩作为参考，称自己正在使用谷歌和火狐浏览器，表示“市面上有多种免费杀毒软件可供选择。”其微博原文如下：
据了解，AV-Comparatives是全球著名的杀毒软件测试机构，总部设在奥地利。评测中，所有的杀毒软件都处于默认状态进行此次测试，因此参加测试的杀毒软件的病毒检测率非常接近他们实际的杀毒能力，对于用户了解一款杀毒软件的杀毒能力极具参考价值。
而有趣的是，在方舟子所陈列的最新一期AV-Comparatives评测名单中，360杀毒软件在20款国内外参评软件中成绩垫底，而一直埋头只做不说的腾讯电脑管家，却与Avast、卡巴斯基、McAfee等国际一线杀毒软件并列进入了最佳测试结果。从国际权威测评机构的测评结果看，腾讯电脑管家已进入国际超一流杀毒软件行列。
