对中国电子商务而言，支付宝的出现具有里程碑的意义。
由于中国缺乏系统的社会信用体系，在电子商务的发展早期人们不习惯也不放心去网上购物，这致使中国电子商务发展速度落后于欧美等社会信用体系较为成熟的国家。淘宝和支付宝的出现改变了这一状况，首创的担保交易付款模式能够更好地保障买家的利益，让更多的人敢于并最终乐于在网上购物。淘宝和支付宝共同培育和教育了大批中国网购消费者，也间接促进了中国B2C的发展。可以说，支付宝对中国网购的发展起到了至关重要的推动作用，同时也成就了淘宝和支付宝这两家公司。
支付宝依托淘宝发展壮大之后，并不甘心仅仅作为淘宝的支付工具，开始了逐渐走出淘宝的步伐。之前支付宝与卓越、京东商城等多家B2C网站实现合作，这些网站的用户可以使用支付宝进行购物。然而，双方的合作关系并不牢固，近日京东商城就宣布将全面停用支付宝。
B2C网站使用第三方支付工具有两个目的，一是可以让用户能够安全方便地支付购物款，二是希望能够引入支付工具本身的用户量来扩大交易额。支付宝作为中国用户数量最多的支付工具，对B2C网站具有较强的吸引力。然而，这些B2C网站与淘宝存在着或强或弱的竞争关系，支付宝身上具有的深厚的淘宝烙印难免让这些网站心存顾虑。在效果不显著或者存在替代产品的情况下，双方分手就成为了一种必然。
支付是电子商务最关键的环节之一，掌握着最核心的用户资料和交易数据，让一个身份尴尬的第三方工具掌握这些数据总是不太令人放心。虽然京东商城宣称停止合作是由于支付宝的费率过高，但淘宝和支付宝错综复杂的关系恐怕让京东商城心有戚戚焉。不仅仅是支付宝，淘宝新划分出来的一淘也很难摆脱这种尴尬的身份，对其走出淘宝成为一个全面的第三方搜索网站具有负面影响。因为，一个和某一个运动员关系过于紧密的裁判员很难让人完全信任其公正性。
