在中国市场，雅虎想通过并购尽快发力，可选择对象包括百度和3721。以当时的眼光看，3721很不错：拥有45万个中小企业客户，这可是在互联网商业里最有价值的资源。3721要价1.2亿美元，比百度低3000万，还不谋求单独上市。
对于周鸿祎来说，和雅虎的合作意味着傍上了大树。在和百度的缠斗中，他获得技术、品牌，万事俱备只欠东风。
2004年3月22日，周鸿祎正式出任雅虎中国总裁。从一个创业者到打工者，周回忆：“由于过度竞争，我忽略了用户。这还不是最致命的，把名弄坏了其实是有机会矫正的。我太想做网页搜索，太着急，正好碰上雅虎。雅虎诱惑说有能跟Google相匹敌的搜索技术，结果我们当了小白鼠。2003年的雅虎还是互联网第一，当时想如果能跟雅虎拼到一起，用雅虎的资金、品牌和技术，再加上我的渠道、客户端和运作能力。我们不仅能灭了百度，把Google都能给灭了，所以就加入了豪门。”
3721卖了1.2亿美元，雅虎先给了一半，剩下的能不能拿到要看周的业绩。从一开始，周鸿祎就面临着巨大的业绩压力，而他的种种做法既让人耳目一新又毁誉参半。
雅虎开创了“门户”概念，但周鸿祎关注的是房产、汽车、娱乐等面向白领的内容，而且把重点放在了邮箱和搜索上。
他率先在中国把电子邮箱推广到G时代，一把火烧到了网易门前。此前，网易凭借邮箱技术独步中国，拥有最多的用户，如果扩容势必成本飞升。
除了扩容，周还向联众、当当等多家知名网站提供以各家品牌为地址的1G邮箱服务。没有要品牌，而是拿到众多客户，更给网易频频施压。
周鸿祎迅速拿下了中国邮箱市场第二的位置，更将除网易之外的邮箱迅速边缘化。
他还推出“一搜”这个独立搜索品牌，主打MP3搜索，号称“中国最大的娱乐音乐搜索”。一搜加上雅虎的搜索量，跟百度相差不大，胜过当时的Google。
再加上已经做得很成功的网络实名业务，第一年，周鸿祎达到了合同要求，但亮丽的业绩掩盖不住矛盾的滋生。
周鸿祎评价自己更适合带创业期的公司，气质使然。公司合并历来最难的就是文化融合，3721是一个创业期公司，而雅虎中国在他看来已经沾染上浓厚的跨国公司官僚气。
他把原来200多人的3721队伍全部带到了新东家，而雅虎中国当时才不过50人左右，还整体搬到了3721所在的和乔大厦。
这在外界看来，反倒像是3721收购了雅虎中国。
他推广“奋进，向前，快速行动”的创业文化，把手下拉到三亚搞团队活动，用最中国的方法——喝酒，而且是当年陪代理商喝酒的那种，以至醉酒掉进游泳池摔掉两颗门牙。
他在做一搜时，没有得到总部的同意，结果直接从3721拿钱，也被默许了。
新举措在雅虎总部看来是离经叛道，而业绩让杨致远们采取了睁一只眼闭一只眼的态度。
矛盾在年底谈判中终于激化，周认为要想大回报就必须大投入，而不能只是靠雅虎中国自身的资金。
周提出了两个方案：收购金额不变，长线的邮箱和搜索业务总部再拨钱；或者协议提前结束，雅虎拿出一笔比当初协议低的金额，双方友好分手。
雅虎的回复是：周和他的团队留下，以收购金额原价为标准支付周鸿祎股权所得。周不认同，因为这相当于买团队，而牺牲投资者的利益。他的做法得到了VC圈的一片好评。
他和IDGVC投资合伙人王功权是好朋友。王功权是“万通六君子”之一，曾代表IDGVC投资了3721。直到今天，桀骜不驯的周鸿祎仍然认为王功权是影响自己最深的人。
最后，周和雅虎彻底谈崩，于2005年8月31日离职。
现在的周鸿祎仍不肯掩饰对雅虎的不满，他的评价是：“规范的管理和创新是不矛盾的，要追求管理的必要性，不要追求管理的充分性。你看今天有的中国互联网公司大了，上市之后，我不说名字，就显得比较臃肿。有的企业像网易、QQ，公司很大，还是能在很多领域保持积极地进取。
今天我认为上帝已经惩罚了(雅虎)这家公司，他的股东损失很大，公司很多人都去了微软、谷歌。企业都是被自己打败的，自己做了错误决定。”
360：这次我要做伟大的公司
负气离职之后，周鸿祎在IDGVC干过一段风险投资。他投资了迅雷、酷狗、discuz等一大批成功的企业，也在羊奶这样的项目上失手过。他倒是从来不拒绝谈论失败的案例。
换个角度看问题，让他平静了很多。不过做天使投资人，间接体会成功快感或者失败痛楚，显得太不痛快了。
他重新杀回了一线。2006年7月，周鸿祎的奇虎公司推出了“360安全卫士”免费软件，主打卸载流氓软件。百度、CNNIC、雅虎一大批根深蒂固的插件哗啦啦被清理个干净。
周的口号是“替天行道”，与此同时360安全卫士还带上了半年免费的卡巴斯基。清理插件加杀毒，声势很浩大。
老周就这么手刃了亲生儿子——雅虎上网助手(前身是3721客户端)，发布的头两月每天卸载的恶评软件就达100多万，其中雅虎助手就达60万次以上。
他试图以此拿掉“流氓软件之父”的帽子，但也把很多人的饭碗给干掉了。
时任雅虎中国执行总裁田健开始炮轰老同事、前老板周鸿祎，也算开创了网络业的一大先河——门户网站上挂着对另一个公司老总(也是自己公司前老总)的炮轰文章。双方频频抛出声明指责对方，从职业道德上升到了个人品质。
没有无缘无故的口水，据互联网调查公司iResearch的统计显示，2004年3721网络实名收入约为1.5亿元到2亿元左右，2005年增长到近4亿元，2006年开始出现整体下滑，但依然是“瘦死的骆驼”。据田健介绍，阿里巴巴雅虎收入前三名的业务是“3721、短信增值、搜索竞价”。
360安全卫士从根本上清除上网助手，让田健一点流量都拿不到，彻底失去收入，属于釜底抽薪之举。
周田二人大战之际，阿里巴巴(此时杨致远把雅虎中国卖给了马云)的介入更加剧了“互联网第一口水仗”。马云也来凑热闹，双方像小孩子斗气一样，相互赌咒说永远不投资对方企业，永远不和对方发生业务往来。
几番口水战之后，不了了之。
周鸿祎觉得做安全卫士是一切从用户出发，不小心进入了安全领域。这个不小心引发的后果是，360系已经成为中国互联网第二大客户端企业(第一名是不可动摇的腾讯)：
软件宝库：已经成为下载渠道门户之一，周鸿祎被认为直接动了下载站的奶酪。
保险箱：保护用户网银、网游账号的安全。继十大网游公司之后，又有十大视频网站开始与之合作。
安全浏览器：以安全为主打，已成为国内浏览器市场上用户量第二大的产品。
360免费杀毒：云安全产品，服务器与客户端双结合，很适合互联网时代，3个月用户量超越9年稳居第一的瑞星，由此推动了行业重新洗牌。
在互联网江湖摸爬滚打多年的周鸿祎的“一不小心”，在外界看来却似乎有着缜密的过程：
先从处理流氓软件开始，“悄悄的进村，打枪的不要”，麻痹了老牌杀毒软件厂商，一举占据了网民电脑的客户端，并博得好评；然后再根据互联网时代对安全的最大需要，顺势推出木马查杀，同时和急切进入中国市场的卡巴斯基合作，推出半年免费杀毒服务；到最后，推出正式的360免费杀毒软件，彻底占据了客户电脑。