经营模式不尽合理
面对新技术应用对网络带宽的冲击，互联网运营企业的应对显得不足。目前互联网用户资费普遍采用简单的包月制，对网间带宽的需求猛增，而互联网运营企业收入并未增加，因而运营企业没有扩容的积极性，导致网间通信质量急剧下降。
结算办法需适应新环境
目前，互联网骨干网互联单位结算仍沿用重组前的结算办法，主要有以下两种。
第一，以直联方式进行互联时，经营性互联单位之间——中国电信163网与中国联通169网之间互不结算；中国移动CMNET与中国电信163网、中国联通169网进行互联时，需要根据互联链路带宽向中国电信、中国联通交纳互联费用；中国联通165网与中国电信163网进行互联时，需要根据互联链路带宽向电信交纳互联费用。
第二，以交换中心进行互联时，非经营性互联单位和经营性互联单位通过交换中心半价向中国电信和中国联通进行结算。
结算价格定价分为两种：通过国家级交换中心互联的价格由政府定价，根据平均出入流量，由小网向大网单向付费；直联带宽价格由互联双方自行协商决定，政府不干预。事实上，政府通过调整NAP（互联网交换中心）点结算价格影响直联价格。
中国电信由于网络覆盖相对完善，网络中接入的用户及信源规模庞大，在免费和中国联通169网互联情况下网间带宽扩容积极性不高。业界当前认为，互联网结算主要取决于网络价值（各自网络接入的用户数和信源数）、双向流量以及网络成本。政府需要制定更为科学合理的结算办法，在扶持弱小企业的同时不打击优势企业网络发展的积极性。
竞争观念有所局限
中国移动通过合并中国铁通，获得了运营固网业务的许可。虽然中国移动CMNET与城域网覆盖较之中国电信和中国联通有很大差距，但是由于中国移动具有资金上的优势，因此有实力在短时间内完善网络覆盖。随着固网与移动网融合的趋势越来越明显，中国移动具备移动互联网的绝对优势以及良好的品牌号召力，已成为当前两家互联网主导企业在国内市场的最大威胁，未来极有可能与中国电信、中国联通形成中国互联网的三足鼎立格局。中国电信与中国联通虽然在与中国移动的互联中收取费用，但与它进行网间扩容仍采取谨慎态度。
互联网网络安全问题突显
由于互联网网络体系结构端到端的透明特性，IP网安全能力先天不足，互联网用户信任机制缺失，对网络攻击和各类犯罪的溯源能力弱且成本高，设备系统安全漏洞层出不穷，因此网络病毒和垃圾邮件泛滥，网络攻击屡见不鲜，互联网安全已经成为运营管理的最大隐患。另外，信息安全形势日趋严峻，我国的信息基础设施和网络安全系统在预测、反应、防范和恢复能力方面存在许多薄弱环节。
面对愈发严峻的互联网安全形势，互联网基础运营企业在控制网内安全的同时，要建立相应的机制与措施，防范网络攻击，保障网间正常流量疏通，杜绝不良信息跨网传播，把安全风险降低到最小范围。